Der an dem Flüßchen Ach gelegene Ort Mühlhausen wird 1130 nach einer Güterschenkung an das Kloster St. Ulrich und Afra in Augsburg als Mulehusen - zu den Häusern bei der Mühle - in einer alten Besitzliste des Klosters erwähnt.
Im 12. Jahrhundert stand auf der Höhe über dem Ort, der das Eigentum der bayerischen Landesherren war, eine Burg, deren Bedienstete die Geschäfte des herzöglichen Amtes (officium Mulhausen) führten (sie nahmen z.B. den Zoll für die Landstraße Augsburg-Neuburg ein).
Nach dem Aussterben der adeligen Lehensmänner, der Marschalke von Schiltberg, verwalteten die Pflegegerichte Aichach und Friedberg das Mühlhausener Amt für die bayerischen Herzöge; der Ort selbst kam 1687 in den Besitz der Hofmark Affing.